In der Gruppe 3 musste Slowenien gegen Tschechien, Polen, San Marino, Nordirland und die Slowakei antreten. Mit Ausnahme von San Marino war diese Qualifikationsgruppe sehr ausgeglichen und jeder konnte jeden Schlagen.
Die Schlüsselspiele in der Qualifikation zur Weltmeisterschaft waren für Slowenien zunächst das Rückspiel gegen das Team aus Polen, sowie das Rückspiel gegen die Slowakei. Anfang September 2009 traf Slowenien im eigenen Stadion auf Polen. Durch einen souveränen 3:0 Sieg schaltete man einen direkten Gegner um den zweiten Platz aus und hatte sogar noch Chancen auf den ersten Platz. Zum damaligen Zeitpunkt stand die Slowakei auf dem ersten Platz der Gruppe 3. Slowenien gewann als Außenseiter überraschend mit 2:0 und war nahezu sicher in den Playoffs, da der im letzten Gruppenspiel San Marino wartete.
In den Playoffs musste Slowenien gegen Russland antreten. Slowenien war der klare Außenseiter und verlor das Hinspiel 2:1. Slowenien gelang kurz vor Spielende das wichtige Auswärtstor, dass im Endeffekt entscheidend für die WM-Teilnahme in Südafrika war. Im Rückspiel genügte den Slowenen schließlich ein knapper 1:0 Sieg um sich überraschend für die WM 2010 zu qualifizieren.